Apostolskim pismom Ex hac augusta pape Leona XIII. od 5 srpnja 1881., kojim se ustanovljuje biskupska hijerarhija u Bosni i Hercegovini, određeno je da se otvori pokrajinsko bogoslovno sjemenište za odgoj i izobrazbu dijecezanskih svećenika. Papa u apostolskom pismu kaže da se treba brinuti o porastu broja domaćih svećenika koji će se odlikovati ćudorednom čistoćom, pobožnošću i revnošću, čestitošću i koji će biti znanstveno izobraženi, da bi mogli s obilnim plodom obnašati sve svećeničke dužnosti i marljivo ulagati sve svoje snage za širenje vjere u svojim rodnim krajevima. Stoga Papa, čvrsto uvjeren da ovom pothvatu neće nedostajati potpora državnih vlasti, u međuvremenu odlučuje i bez ikakve odgode određuje da se „u Vrhbosanskoj nadbiskupiji osnuje pokrajinsko sjemenište za klerike, koje će odgovarati potrebama i te nadbiskupije i ostalih biskupija koje njoj dodjeljujemo kao sufraganske. Sasvim se pouzdano nadamo da će na taj način izići što više izvrsno odgojenih evanđeoskih radnika iz svjetovnoga klera koji će vjerno i radosno obrađivati Gospodnji vinograd, povezani jednim duhom ljubavi i sloge s pitomcima redovničkog ustroja, kojima je prikladno i dalje povjeravati dostojne službe zbog dugotrajnih napora kojima su brižljivo nastojali steći zasluge za Crkvu i spasenje duša u onim krajevima“.[1]

          U duhu ove odredbe dr. Josip Stadler, preuzevši službu prvoga nadbiskupa u Vrhbosanskoj nadbiskupiji 1882. god., otvorio je u Travniku Nadbiskupsko dječačko sjemenište[2] i gimnaziju. Kad su prvi dijecezanski maturanti te sjemenišne gimnazije dospjeli do teološkog studija, nadbiskup je 1. rujna 1890. otvorio u zgradi Nadbiskupskog dječačkog sjemeništa u Travniku prvo godište Vrhbosanskog bogoslovnog sjemeništa[3] i prvu godinu filozofsko-teološkog studija.

          Nadbiskup Stadler je u međuvremenu podizao zgradu Vrhbosanskog bogoslovnog sjemeništa u Sarajevu, pa su 1. rujna 1893. bogoslovi, poglavari i profesori prešli u novosagrađeni dio Vrhbosanskog bogoslovnog sjemeništa u Sarajevu. Upravu u Bogosloviji nadbiskup je povjerio isusovcima. Zgrade obaju sjemeništa vlasništvo su Vrhbosanske nadbiskupije. Nadbiskupsko dječačko sjemenište u Travniku i dio Vrhbosanskog bogoslovnog sjemeništa u Sarajevu oduzeti su 1944. god. od Nijemaca. Nakon ulaska partizana u Sarajevo, Nijemci su se povukli te se u prostorije uselio jedan partizanski medicinsko-sanitarni bataljun. Republičko ministarstvo prosvjete priopćilo je biskupima 25. prosinca 1946. da uskraćuje odobrenje za daljnji rad Bogoslovije. Godine 1947. komunističke vlasti dio zgrade zakratko su pretvorili u vojarnu, a zatim u studentski dom. Nacionalizacijom je onemogućeno daljnje djelovanje. Nakon dugih i mukotrpnih pregovora s tadašnjim vlastima u Socijalističkoj republici Bosni i Hercegovini (SR BiH), vrhbosanski nadbiskup dr. Smiljan Čekada kupio je svoje vlastito Sjemenište i 25. studenoga. 1969. otvorio je prvi tečaj bogoslovnog studija u nenacionaliziranom, tzv. profesorskom dijelu zgrade što je poslije prošireno na cijelo zdanje. Uprava Vrhbosanskog bogoslovnog sjemeništa povjerena je 6. srpnja 1972. dijecezanskim svećenicima. God. 1973./1974. obnovljena je zgrada Bogoslovije. Godine 1980. Bogoslovno sjemenište dobiva ime Vrhbosanska katolička bogoslovija, koja je obuhvaćala odgojnu i školsku ustanovu: Vrhbosansko bogoslovno sjemenište i Vrhbosansku visoku teološku školu. Zbog ratnih sukoba u BiH 1992. god. Vrhbosansko bogoslovno sjemenište i Vrhbosanska visoka teološka škola nalaze svoje privremeno utočište u dominikanskom samostanu u Bolu na Braču.

            Neposredno prije povratka u Sarajevo 1996. god. ponovno je obnovljena zgrada Vrhbosanske katoličke bogoslovije.

            Godine 1996. rastavljene su uprave Vrhbosanske visoke teološke škole i Vrhbosanskog bogoslovnog sjemeništa.

          Vrhbosanska katolička bogoslovija imala je veliku čast ugostiti Svetog Oca Ivana Pavla II. u svojim prostorijama 12. travnja. 1997. tijekom njegova pastoralnoga pohoda BiH.

        Vrhbosansko bogoslovno sjemenište u svojoj 115-godišnjoj povijesti dobilo je svoj treći službeni statut. Do sada su bila samo dva od mjesnoga ordinarija službeno odobrena statuta. Prvi je odobren 1890. god. od nadbiskupa Stadlera pod nazivom Statuta seminarii maioris Vrhbosnensis koji je tiskan 1903. god. Drugi statut je odobren 23. listopada 1980. od nadbiskupa Jozinovića pod nazivom Statut Vrhbosanske katoličke bogoslovije s Uredbom o zajedničkom životu bogoslova u Vrhbosanskom bogoslovnom sjemeništu u Sarajevu. Sadašnji vrhbosanski nadbiskup Vinko kardinal Puljić odobrio je 30. studenog 2006. novi Statut Vrhobosanskog bogoslovnog sjemeništa i novi Pravilnik Vrhbosanskog bogoslovnog sjemeništa.

[1] Usp. LEON XIII., Ex hac augusta, litterae apostolicae quibus hierarchia episcopalis in Bosnia et Herzegovina instituitur, (Apostoslko pismo kojim se ustanovljuje biskupska hijerarhija u Bosni i Hercegovini), izdala: Biskupska konferencija Bosne i Hercegovine, Sarajevo 2006., str. 33.
[2] Usp. Travnička spomenica: prigodom pedeset-godišnjice Nadbiskupskog sjemeništa i Nadbiskupske velike gimnazije u Travniku 1882-1932. Ur. Kamilo Zabeo (Sarajevo, Akademija „Regina apostolorum“, 1932), 113. Spomenica Vrhbosanska 1882-1932. u izdanju Akademije Regina apostolorum, Sarajevo, 1932., na str. 34 koristi se samo naziv Dječačko sjemenište.
[3] Usp. Pero SUDAR, „Odgojni sustav u radu Vrhbosanske bogoslovije“, u: Vrhbosanska katolička bogoslovija 1890-1990. Ur. Pero Sudar, Franjo Topić, Tomo Vukšić, Studia Vrhbosnensia, br. 5 (Sarajevo – Bol: Vrhbosanska katolička škola, 1993.), 258.